腮腺炎的发病原因最常见的是病毒感染，比如腮腺炎病毒、柯萨奇病毒等;其次为细菌感染，比如葡萄球菌、链球菌等。当然也有少数腮腺炎是因为自身免疫机制紊乱、腮腺管堵塞、药物以及部分未明确的病因所致。除此之外，腮腺炎还与患者的免疫力低下密切相关。
1、 病毒感染
病毒感染是急性腮腺炎最常见的发病原因，尤其高发于儿童群体中，具有传染性，主要通过呼吸道和密切接触传播。最常见的病原体是腮腺炎病毒，经空气飞沫传播，人体是其唯一的宿主，目前可以进行疫苗接种来预防。另外，柯萨奇病毒、单纯疱疹病毒、副流感病毒以及流感病毒等均可引发此病。
2、 细菌感染
细菌引起的腮腺炎主要为急性化脓性感染，不常见。主要的病原体是金黄色葡萄球菌，还有链球菌等细菌。化脓性腮腺炎不具有传染性，通常发生在免疫力低下的人群中，比如大手术后的患者。或者腮腺的分泌功能减退、腮腺导管堵塞以及口腔卫生不良、邻近部位有细菌感染等，也可导致细菌进入腮腺发生急性腮腺炎。
3、 其它原因
少数腮腺炎患者是由于自身免疫性、药物性以及部分未明确的原因所致。比如干燥综合征等慢性自身免疫性疾病可以累及自身的外分泌腺，尤其是唾液腺。患者血液中含有多种自身抗体，可以产生自身免疫反应，损害腮腺，从而导致非感染性的腮腺炎症。
