小儿清热宁的副作用目前不明确。遵医嘱按照正确的用法用量来服用，目前未见出现明显不良反应的报道。但并不代表不存在副作用，父母们给孩子用药时一定要按医师的意见来进行。小儿清热宁中的成分多用清热解毒的中药材，无病之时不要服用，以免损害脾胃。
从小儿清热宁的有效成分来看，除了牛黄性味苦凉、金银花性味甘寒，羚羊角粉性味咸寒;黄芩、柴胡、板兰根、水牛角浓缩粉和冰片都是苦寒药材，由此可知小儿清热宁是一种寒凉药，其成分也都有清热解毒和凉血的作用。在人体外感热邪以及脏腑实热的时候，可以清除体内的火热邪气。但如果人体没有热邪，或者是虚热时，就会损伤人体的正气，因此有病时不可以乱用，更不可无病时服用。
中成药其实也是有副作用的，只不过大多不明确。比如说，小儿清热宁中的羚羊角粉在小鼠实验中，表现出轻微的毒性，可以抑制小鼠的体重;水牛角浓缩粉在用于临床治疗中，也有少数病人出现腹胀、腹泻等消化道症状。这些成分在制作中成药时，不能排除完全不会引起副作用的可能性。
不过家长们也可以放心，小儿清热宁颗粒等中成药在用于临床治疗前，是有一个观察过程，确定不会引起明显副作用才使用的。关键就是按照医生的指导按照正确的用法来服用。如果服用时间过久，或者用量超出，也是可能出现不良反应的。
