健儿清解液的副作用目前不是非常明确，目前用于临床治疗也没有出现严重不良反应的报道。但并不代表此药没有副作用，只是因为药理作用不明确。比如说，健儿清解液中的苦杏仁就是具有小毒的中药。而且对于脾胃虚弱以及容易腹泻的患儿来说，是不建议服用此药的。
中成药的每一种中药材都含有许多化学成分，作用机理复杂，药理研究也相对困难，因此中成药往往由于药理作用不明确，而不能明确标注不良反应。但其实没有绝对安全的药物，中药一样具有副作用，只不过通常相对西药来说要小一些。重点在于按照中医的辩证论治，合理使用中药。
健儿清解液作为一种中成药，其不良反应目前也是不明确的，从临床应用此药来看，按照正确的用法用量也未见明显不良反应的报道。从其成分来看，也是常见的菊花、金银花和连翘等药材，不过其中的苦杏仁已经明确是具有一定毒性的中药，其中所含的苦杏仁苷在过量时可以引起氢氰酸中毒。因此此药虽然是非处方药，但最让医师指导正确的用法用量。
另外，患儿应用此药时，需要按照年龄和病情来决定用量，不要随意加量，以免引起不可预估的副作用。对于脾胃虚弱的患儿来说，比如平时容易腹痛和腹泻，应该慎用此药，以免加重胃肠不适的症状。已经明确对此药过敏的患儿不宜服用，以免引起严重不良反应。
