幽门螺杆菌感染后没有最好最有效的药物，只能根据不同患者的个体差异来制定合适的用药方案。目前在临床上主要采用四联药物疗法来根治幽门螺杆菌，也就是抗生素、铋剂和质子泵抑制剂的联合使用。此外，还可以配合益生菌和中医药治疗。
1、抗生素
目前来说，四联药物疗法是根治幽门螺杆菌最主要的方法。在四联药物疗法中，会使用两种抗生素，一般首选阿莫西林或四环素，然后搭配甲硝唑、克拉霉素、庆大霉素、左氧氟沙星、呋喃唑酮等抗生素中的一种。如果有青霉素过敏，就不选阿莫西林。
2、铋剂和质子泵抑制剂
铋剂和质子泵抑制剂也是四联药物疗法中的重要组成。虽然它们不能直接杀灭幽门螺杆菌，但却可以提高抗生素的杀菌效果。铋剂是胃黏膜保护剂，主要有胶体果胶铋、枸橼酸铋钾、复方铝酸铋颗粒等;质子泵抑制剂也就是胃酸抑制药物，主要有奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑、埃索美拉唑等。
3、中医药
对幽门螺杆菌有效的中药有很多，比如黄芩、丁香、连翘、苦参、金银花、板蓝根等。但是中药的使用讲究辨证论治，必须在中医指导下进行正确的辨证，然后组方来治疗，才能取得较好的效果。
