引起小脚趾疼痛的原因一般分为以下四点，第一点是由于局部损伤引起的疼痛;第二点是由于脚趾局部皮肤破损后感染引起的疼痛;第三点是由于患者本身代谢性疾病引起的疼痛，比如痛风、糖尿病等;第四点是由于小脚趾骨骼畸形引起的疼痛。
小脚趾痛最常见的原因是由于小脚趾磕碰引起局部损伤性疼痛。小脚趾处于足的外侧，是负重区域，也很容易受到磕碰，造成小脚趾软组织损伤引起疼痛。这种情况引起的疼痛一般会随着损伤的好转而慢慢消失。另外长时间的负重可能会使脚趾出现慢性劳损也会引起疼痛。
其次是由于小脚趾局部感染引起的疼痛。小脚趾的生理解剖位置比较特殊，很容易受到挤压。如果局部皮肤破损，细菌或者真菌就很容易入侵造成感染，引起疼痛，比如脚癣等。
第三是由于代谢性疾病引起。比如痛风、糖尿病等。如果痛风结石沉积在小脚趾部位还可能会出现脚趾畸形的现象。糖尿病患者主要是由于末梢神经炎造成局部血液循环不通畅就会出现疼痛的症状。
第四，小脚趾本身的畸形也会引起疼痛。鞋子的大小不合适使小脚趾长期受压就可能会引起骨骼畸形的症状，或者先天的骨质畸形等都可能会出现小脚趾疼痛的症状。
