根据肝囊肿患者的具体病情进行最合适的处理就是最好的治疗方法，大多数肝囊肿患者是先天性因素所致，危险性较小，不需要特殊处理，只要定期观察即可;小部分患者由于囊肿压迫到邻近重要组织，或合并感染、出血等并发症，需要考虑手术治疗。
肝囊肿患者首先需要明白的是，大多数肝囊肿不需要进行治疗。据统计，在所有肝囊肿群体中，仅有5%的患者需要进行治疗。因为大多数肝囊肿是由于先天性的肝内胆管发育异常所致，这种类型的肝囊肿是一种良性病变，大约占所有肝囊肿的90%。而且囊肿的生长速度非常缓慢，体积也较小，不会对患者的正常工作生活造成明显影响。因此临床上建议只要定期复查即可，不必治疗。
如果在后续的复查过程中，发现囊肿有明显增大的趋势，那么就必须及时进行手术治疗。另有小部分的肝囊肿患者是由于创伤、炎症、肝内的肿瘤和寄生虫等因素所致，对于这些类型的肝囊肿可以采用中医中药、穿刺抽液和手术治疗等方式进行治疗。其中，手术治疗目前来说是最彻底的治疗方式，可以直接切除囊肿，达到治愈的目的。
但也有部分患者由于重要的脏器功能不全或者体质极度虚弱等因素，而不能耐受手术，比如70岁以上的体质虚弱的老年人，或者合并有肾衰竭的患者等。对于这部分的患者来说，可以进行超声引导下穿刺抽液以及中医中药调理等治疗，但一般只能缓解症状，无法达到彻底治愈的目的。
