肝囊肿的治疗取决于病因和囊肿的发展等多种因素，最佳的治疗方法就是根据患者的病情来选择最合理的处理方式，比如较小的囊肿不用处理，只要定期随访观察较好;较大的囊肿如果引起了明显的不适，可考虑中西医治疗，必要时采用手术治疗。
非寄生虫性的肝囊肿大多数是先天性的发育异常所致，在囊肿不大时可以和人体和谐共存，不会影响到患者的生活，因此一般不用采取治疗，只要定期随访观察囊肿的大小，并且积极改善生活习惯，保持良好的心情，从而保护肝功能;也可在中医指导下进行调理，比如使用疏肝理气、活血化瘀和软坚散结的中药来促进囊肿消退。
对于较大的囊肿，如果压迫到邻近组织或者合并感染，从而出现严重的不适表现，建议行微创的囊肿开窗手术，拥有创伤较小、恢复速度快等多种优点。如果因感染导致囊内脓液较多，或者囊内出血，或者肝内胆管分泌的胆汁进入囊内，可在开窗术的基础上置管引流。肝囊肿切除术由于腹部切口大、恢复较慢等缺点，已经较小应用。
寄生虫性的肝囊肿是由于细粒棘球绦虫等感染所致，对于位置较浅的肝囊肿可直接摘除囊肿;对于位置较深的小囊肿可暂时不作特殊处理，但需要定期检查来严密观察囊肿的进展，当囊肿增大到接近肝表面时可进行手术治疗，比如内囊摘除术。
